Chemotargets: 20 años diseñando fármacos con ciencia computacional
Innovación
La validación de la FDA y el salto al diseño generativo consolidan a Chemotargets como actor
global en el diseño computacional de medicamentos
La compañía barcelonesa cuenta con cerca de 40 empleados
La adquisición de una licencia oficial de CLARITY® por parte de la Food and Drug Administration (FDA) en mayo de 2020 marcó un antes y un después para Chemotargets. Dos décadas después de su fundación, la compañía barcelonesa celebra su vigésimo aniversario convertida en referente internacional en diseño computacional de fármacos, con cerca de 40 empleados y una tecnología que ha evolucionado del cribado virtual clásico al diseño generativo de nuevas moléculas bioactivas.
La empresa nació en 2006 como una de las primeras spin-off biomédicas del país, bajo el paraguas del hoy Hospital del Mar Research Institute. Detrás del proyecto estaba el profesor Jordi Mestres, catedrático de Química Computacional en la Universitat de Girona y fundador y actual director científico. La decisión de crear la empresa respondió a una necesidad práctica: el creciente interés de la industria farmacéutica por las metodologías desarrolladas en su grupo impedía publicar resultados en el ámbito académico. “A los dos años tenía a medio grupo trabajando en proyectos con farma de los que no podíamos publicar nada. Aquello fue el argumento principal para la creación de una spin-off”, recuerda.
La sociedad se constituyó con el capital mínimo y sin rondas de financiación. El 1 de abril de 2006 firmaron su primer contrato con una farmacéutica, lo que permitió la incorporación inmediata del primer investigador de la compañía.
Validada por la FDA
En su primera etapa, Chemotargets sobrevivió gracias a contratos de servicio con farmacéuticas. Con el tiempo, los clientes comenzaron a demandar acceso directo a sus herramientas. Así nació la idea de desarrollar una plataforma con interfaz gráfica capaz de predecir el perfil farmacológico y de seguridad de pequeñas moléculas para usuarios no expertos. Tras varios intentos fallidos, la primera licencia se vendió en 2015 y dos más en 2016. Ese impulso atrajo la inversión de Prous, cuya experiencia en información sobre fármacos permitió rediseñar completamente el producto. En octubre de 2017 se presentó en Japón CLARITY®, que encontró allí su primer gran mercado.
La implementación en grandes farmacéuticas llamó la atención de la FDA, que sometió la herramienta a un proceso de validación interna durante aproximadamente dos años. La adquisición de la licencia oficial en 2020 consolidó su credibilidad internacional. “Fue un hito espectacular, que se tradujo rápidamente en una adopción generalizada en farma”, afirma Jordi Mestres. En 2022, Chemical Abstracts Service adquirió en exclusiva su licencia y comercialización como base de CAS BioFinder.
D3 invierte la lógica tradicional y permite generar moléculas nuevas, optimizadas y con mejor perfil de seguridad
En el ámbito de la seguridad, la compañía ha apostado por un enfoque donde el cómo importa tanto como el qué. No basta con alertar de un posible efecto adverso; es necesario respaldarlo con evidencia experimental o estadística. Para ello, ha integrado herramientas de inteligencia artificial que extraen señales desde ensayos clínicos, artículos científicos y congresos, siempre bajo supervisión humana.
Un conjunto de modelos especializados revisa la información extraída y evalúa su fiabilidad. Los casos con baja confianza se trasladan a supervisores humanos antes de su validación. Este sistema, gestionado a través de la plataforma CLARIFY, reduce la carga de trabajo sin comprometer la solidez necesaria en un entorno regulatorio exigente.
El salto al diseño generativo
En paralelo, Chemotargets ha dado un giro estratégico con su plataforma D3 (Deep Drug Discovery). Frente al cribado virtual tradicional —limitado a moléculas ya existentes y con posibles restricciones de propiedad intelectual—, D3 propone que sea la propia cavidad de la proteína diana la que haga crecer nuevas moléculas en su interior.
El proceso combina modelos propios de química generativa y predicción de seguridad. Según la empresa, el algoritmo aprende el lenguaje de las transformaciones químicas a partir de millones de moléculas sintetizadas y es capaz de reproducir la estructura de la mayoría de los fármacos químicos actuales a partir de pequeños fragmentos. La selección final de compuestos para síntesis experimental se basa en un equilibrio entre afinidad prevista y perfil de seguridad.
La validación de la FDA impulsó la
credibilidad global de CLARITY® y aceleró su adopción en la industria farmacéutica
La plataforma ya se ha aplicado a diversas dianas complejas, incluidas aquellas sin estructura cristalina conocida ni ligandos activos identificados, generando moléculas bioactivas sintetizables inexistentes en catálogos comerciales.
Preguntado por el futuro, Jordi Mestres apunta al impacto acelerado de la inteligencia artificial en el diseño asistido por ordenador. La mejora de modelos capaces de predecir estructuras proteicas y complejos proteína-ligando abre la puerta a problemas antes intratables. “En este escenario, la medicina personalizada cobra protagonismo: debemos anticipar, a partir del perfil genético individual, la eficacia y seguridad de los tratamientos.”
Tras 20 años de evolución desde una pequeña spin-off académica hasta una empresa con impacto regulatorio internacional, Chemotargets se prepara para una etapa en la que el diseño de fármacos pueda adaptarse a proteínas alteradas en el terreno individual o de subpoblación.
La validación de la FDA fue su consolidación; el reto ahora es liderar la próxima transformación del sector.